計画不整合には「計画内不整合」と「計画間不整合」があります。

計画内不整合

提出した計画ファイル内に不整合が存在することを言います。
具体例として計画内のコード（BGコードや取引先コード等）に誤りがある、計画値がBG計≠ΣBG内の計画になっているなどです。
該当の不整合は広域機関に計画提出した段階で不受理となります。

計画間不整合

提出した計画と、他の提出された計画との間で不整合が存在することを言います。
具体例として提出した需要調達計画内の「調達」と、他の提出された発電販売計画内の「販売」が一致しない場合などです。
該当の不整合は広域機関への計画自体は受理されます。不整合通知のタイミングは翌日計画は前日の17時頃、当日計画は10分間隔でチェックされ通知されます。
計画を修正後、再提出して問題がなければ両事業者に登録通知がきます。